Котоура Харука с детства обладает необычным даром – она читает мысли окружающих. Это приводит к непониманию и одиночеству, ведь девочка не всегда понимает, как контролировать свою способность. Встреча с Манабэ Ёсихисой, эксцентричным и добрым одноклассником, меняет её жизнь. Он принимает Котоуру такой, какая она есть, и помогает ей найти друзей в школьном клубе. Вместе они переживают радости и печали, учатся доверять друг другу и открывают для себя новые грани любви и дружбы. Котоура-сан - это трогательная история о преодолении себя и поиске своего места в мире.